農田水利署高雄管理處組織架構圖由上至下分別為：

處長1人、副處長1人及主任工程師1人，並設置總務組、財務組、管理組、工務組、主計室、人力資源室、輔導室及資訊室。

其中總務組下設文書股、事務股與出納股；財務組下設徵收股、財產股與企劃股；管理組下設灌溉股、督導股、機電股與水資源股；工務組下設設計股、工事股與考工股；主計室下設會計股與歲計股；人力資源室下設考核股與任免股；輔導室下設輔導股；資訊室下設資通安全股。

另設置所屬工作站包含六龜工作站、竹子門工作站、吉洋工作站、中壇工作站、月眉工作站、旗山工作站、湖內工作站、阿蓮工作站、岡山工作站、小港工作站、大寮工作站、九曲工作站、鳥松工作站、鳳山工作站、楠梓工作站與左營工作站。